La Région privilégie un développement cohérent, complémentaire et pérenne des trois ports régionaux Sète, Port-la-Nouvelle et l’Ardoise et du port départemental de Port-Vendres.
Elle restructure, modernise et fiabilise ces espaces portuaires en complément d’une démarche commerciale volontariste et d’une exploitation performante, pour un investissement global de plus de 200 millions d’euros à l’horizon 2015.

Sète est la porte logistique du sud de l’Europe, grâce à son positionnement stratégique en Méditerranée occidentale.
C’est un port en eaux profondes qui s’inscrit dans une perspective multimodale avec embranchement direct sur le réseau ferré national, la proximité de l’A75 et de l’A9 (mise en 2x2 voies de l’accès entre la sortie autoroutière et le port) et en accès direct au canal du Rhône à Sète.

Le port de commerce de Port-Vendres est notamment spécialisé dans la filière fruits et légumes, avec la plate-forme Saint-Charles International et ses lignes de fret maritime en direction de l’Afrique du Nord, particulièrement le Maroc et le nouveau port de redistribution Tanger Med.
Port fluvial de l'ArdoiseLa Région ambitionne de faire du site de l’Ardoise l’une des premières plate-formes trimodales fleuve–rail–route de France. Le port fluvial de l'Ardoise est situé sur le Rhône, avec un accès via le canal du Rhône à Sète à la Méditerranée en moins de 12h débouchant sur le port de Sète.